Унифицированная карточка ресурса.

(Информационние карты диссертаций)

.
Дата материала:   03.02.2005
Название:   Выравнивание аминокислотных последовательностей: анализ существующих методов и разработка новых алгоритмов
Основное описание:   Получена зависимость качества выравниваний аминокислотных последовательностей, построенных методом Смита-Уотермана (SW), от уровня сходства сравниваемых белков. Показано, что индивидуальный подбор штрафов за делеции для каждой конкретной пары белков может увеличить качество выравниваний в среднем на 'ЭКВИВА'10% (для белков с уровнем сходства 10 - 30%). Установлена причина значительных отличий между выравниваниями последовательностей по методу SW и структурными выравниваниями белков - наличие большого числа безделеционных участков (островов), имеющих малый вес в структурных выравниваниях. Показано, что безделеционные фрагменты (острова) структурных выравниваний, имеющие вес не менее 40, могут быть восстановлены на основе лишь аминокислотных последовательностей. Разработан новый алгоритм ANCHOR выравнивания последовательностей, учитывающий вес только положительной основы (ядра) острова. Новый алгоритм не уступает в качестве восстановления структурного выравнивания методу SW, но работает в 'ЭКВИВА'2 раза быстрее. Алгоритм ANCHOR адаптирован для построения выравнивания последовательности и профиля. Он так же хорошо восстанавливает структурные выравнивания, как и SW, но работает быстрее более чем в 2 раза. Разработана программа поиска гомологов по банку данных (Search-A
chor). Search-A
chor работает в 3 раза быстрее программы SW-FASTA (алгоритм SW), и в 1,5 раза быстрее программы SSEARCH (упрощенная реализация SW).
Шифр специальности:   03.00.02 Биофизика
Авторы (ФИО):   Олейникова Наталья Васильевна
Степень соискателя:   канд. физ.-мат. наук
Год защиты:   2005
ГРНТИ:   34.03.23 Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов,
34.15.15 Пространственная структура и свойства биополимеров

Связанные материалы
Диссертация -> Организация
Место защиты Московский физико-технический институт (государственный университет)
  Rambler's Top100